İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi’nden 1990 yılında mezun oldu. 1997 yılında Ankara Numune Hastanesi'nde Nöroşirurji ihtisasını tamamladı. EANS eğitim kurslarını tamamlayarak, Eylül 1996’da Nöroşirurji Avrupa Board sınavını geçti. Toronto Üniversitesi'nde Prof. Dr. Charles Tator ile 1998-1999 tarihlerinde“research fellow” olarak “omurilik yaralanması ve omurilik rejenerasyonu” üzerine çalıştı.

2000 yılında Acıbadem Hastanesi Tıp Araştırma Ödülü birinciliği, 2001 yılında Türk Nöroşirurji Derneği Dr. Mahir Tevruz Bilimsel Araştırma Ödülü, Tübitak ve Beyin Araştırma Derneği Wheyt Ödülü'nü, 2002 yılında Türk Nöroşirurji Derneği Hamit Ziya Gökalp Genç Nöroşirurjiyen Araştırma Ödülü ikinciliğini, 2004 yılında Türk Nöroşirurji Derneği Yıldız Yalçınlar Bilimsel Araştırma Ödülü'nü kazandı.

2000-2001 yıllarında Türk Nöroşirurji ve Turkish Neurosurgery dergilerinin yayın kurulunda görev aldı. 2001-2006 yıllarında aynı dergilerin editör yardımcılığını yaptı. 2002-2003 dönemi Türk Nöroşirurji Derneği Genç Nöroşirurjiyenler Komitesi Başkanlığı'nı üstlendi. 2003 yılında Türk Nöroşirurji Derneği Spinal ve Periferik Sinir Cerrahi Grubu Yönetim Kurulu'na seçildi. 2005 yılında Spinal Cerrahi ve Periferik Sinir Grubu Yönetim Kurulu'na tekrar seçildi, halen de bu görevini sürdürmekte.

2004 yılında doçent oldu. 2005 yılında Hacettepe Üniversitesi Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nde İleri Nörolojik Bilimler doktorasını tamamladı. Halen Ankara Numune Hastanesi 1. Nöroşirurji Kliniğinde görev yapmakta olan Erkan Kaptanoğlu evli ve iki çocuk babasıdır.